Die diagnose van tuberkulose (TB) het 'n groot hupstoot gekry met navorsers wat 'n nuwe benadering ontwikkel het wat staatmaak op direkte volgordebepaling van DNS wat uit sputum onttrek word om die bakterieë wat TB veroorsaak, op te spoor en te karakteriseer. Hierdie metode elimineer die behoefte aan lang uitgerekte prosesse om bakterieë in die laboratorium te kweek.
Die nuwe tegniek staan bekend as metagenomics, gedefinieer as die studie van genetiese materiaal wat direk van omgewingsmonsters versamel word. Dit behels die toepassing van genomiese tegnieke om mikrobiese gemeenskappe in hul natuurlike omgewings te bestudeer sonder dat dit nodig is om dit in die laboratorium te kweek of te kweek. In hierdie geval sal die monster die sputum wees van die pasiënt wat vermoedelik TB het. Die tegniek is ontwikkel deur navorsers wat in die VK en Gambië werk. 'n Referaat daaroor is Dinsdag in die vaktydskrif PeerJ gepubliseer.
Terwyl konvensionele laboratoriumdiagnose om TB te identifiseer weke of maande neem, sal metagenomika net tot 'n paar uur neem, sê professor Mark Pallen, direkteur van die navorsing. “Om op laboratoriumkultuur te vertrou beteken om tegnieke te gebruik wat terugdateer na die 1880's! Metagenomika wat die nuutste hoë-deurset-volgordebepalingstegnologieë en 'n paar slim bioinformatika gebruik, stel ons in staat om die bakterieë wat TB veroorsaak binne 'n kwessie van 'n dag of twee op te spoor en te karakteriseer, sonder om die bakterieë te laat groei, terwyl ons ook sleutelinsigte in hul genoom gee. rye en die afstammelinge waartoe hulle behoort,” het hy in 'n verklaring gesê.
Groot diversiteit bestaan onder spesies Mycobacterium, en vinnige identifikasie van die patogene stam is 'n moet vir effektiewe behandeling van tuberkulose. Die navorsers het met behulp van metagenomika volgordes van die TB-bakterieë opgespoor in al agt sputummonsters wat hulle ondersoek het en kon die bakterieë in sewe van die monsters aan 'n bekende geslag toewys. Daar is gevind dat twee monsters reekse van Mycobacterium africanum bevat, 'n spesie van Mycobacterium wat die algemeenste in Wes-Afrikaanse lande voorkom.
Ten spyte daarvan dat dit 'n voorkombare siekte is, raak TB steeds miljoene mense in onderontwikkelde en ontwikkelende lande. Volgens die Wêreldgesondheidsorganisasie het na raming 8,6 miljoen mense in 2012 TB ontwikkel en 1,3 miljoen het aan die siekte gesterf.
Die span is vol vertroue dat hierdie nuwe tegniek kan help om nuwe diagnostiese hulpmiddels vir die opsporing van TB te ontwikkel. Die span het vroeër metagenomika gebruik om patogeniese stamme suksesvol uit menslike monsters te isoleer. Hulle het byvoorbeeld die genoom van E. Coli suksesvol geïdentifiseer, wat verlede jaar 'n aansteeklike uitbraak veroorsaak het. Metagenomics is ook op historiese monsters gebruik toe die span die genoom van Brucella melitensis, 'n bakterie wat 'n infeksie genaamd brucellose in vee en mense veroorsaak, van 'n 700 jaar oue skelet van Sardinië, Italië, geïsoleer het.
Terwyl meer verbeterings nodig is om metagenomika ten volle te integreer in die diagnose en ontleding van aansteeklike patogene, sê die navorsingspan dat suksesvolle identifikasie van die TB-afstammelinge bewys lewer van die doeltreffendheid daarvan.
